食品工程学院前身是食品与环境工程学部，建于2003年7月，当时建有食品科学与工程本科专业，乳品工艺、食品检测技术与管理、环境技术与管理3个专科专业。2004年成立环境工程本科专业，2005年成立生物工程本科专业，2006年成立应用化学本科专业，专科专业在2007-2008年间年终止招生。2011年成立高分子与材料工程本科专业。2012年建立了乳品工程本科专业，2014年建立了食品质量与安全本科专业。截至2016年学院形成了食品科学与工程、乳品工程、食品质量与安全、生物工程、环境工程、高分子材料与工程6个本科专业的专业群。2021年食品与环境工程学部改称为食品工程学院。 

食品工程学院是以工程类专业为主体、多学科发展的学校重点建设学院，围绕食品产业链建设的专业集群具有学科交叉相互支撑、教学科研成果突出、学生动手能力强、就业率高的优势，是黑龙江民办高校中历史最久、最具实力的学院。学院具有国内本科教学一流的实验室，实验室使用面积达8300余平方米，仪器设备总值1200万元，生均7500元，可以为学生提供良好的实验实训平台。

2011年，国务院学位办批准我院在食品工程领域开展硕士专业学位研究生教育，是全国首批获得此资格的五所民办院校之一。学院现有食品科学与工程省级一流本科专业建设点；食品类专业基础课省级教学团队；食品微生物学省级精品课；食品科学与工程专业省级重点专业；“农产品贮藏与加工”省级重点建设学科；与国家乳业工程技术研究中心合作建立的大学生工程实践教育中心成为国家级大学生实践教育基地。目前围绕食品科学学科，建有“食品安全与绿色加工技术研究中心”和黑龙江东方学院-中国热带农科院香料饮料研究所合作的“食品研究所”两个科研创新平台，建有“食品加工、生物技术与工程、特色食物资源开发与利用、食品绿色包装材料”等四支校级研究团队。

学院现阶段本科生在校规模达到1578人，研究生35人。多年来，学院平均就业率达到90%以上。学生以其扎实的理论基础、熟练的专业技能、良好的职业素养和岗位适应能力得到了用人单位的好评。学院突出以“学生为中心”的培养理念，始终坚持以社会需求为导向，从专业能力和职业需求出发，产教深度融合，培养企业一线急需的高层次应用技术型人才。本科生采用“校企研合作”、“全产业与实践教学链”、“3+0.5+0.5”等多种培养模式,专业硕士采用“项目带教学，基地为依托，五段递进式”校内外双导师的培养模式。2021年，我院与黑龙江飞鹤乳业有限公司共建“飞鹤乳业现代产业学院”，培养行业最需求的应用型、创新型、综合素质高、德才兼备的复合型人才。学院实行“学业导师”制度，配备硕士学历以上的教师担任学业导师，帮助和指导学生的学业、生活、思想活动及职业规划，将职业素养、职业能力、道德品质、社会责任感的培养贯穿始终，形成了严管理、优学风、重个性的学生工作特色。